Después de dos años en África, tres de los otros cinco misioneros con los que Comboni viajó murieron y Comboni también enfermó.
Comboni escribió a sus padres: «Tendremos que morir con fatiga, con sudor, pero la idea de sudar y morir por el amor de Jesucristo y por la salud de las almas abandonadas del mundo es demasiado dulce para abandonarla. sobre la gran acción.»

El sacerdote misionero italiano escribió más tarde que los pueblos de África «han tomado conciencia de mi corazón que vive sólo para ellos».
El Papa Francisco destacó cómo «la gran pasión misionera de Comboni» «venía de la alegría del Evangelio, del amor de Cristo, que luego llevó al amor de Cristo».
El sacerdote escribió: «Jesús la Eucaristía es mi fuerza».
Comboni fue nombrado vicario apostólico para África Central y en 1877 fue nombrado obispo. Murió en Sudán en 1881 debido a una epidemia de cólera. Su legado sigue vivo en las órdenes religiosas que fundó, ahora conocidas como los Misioneros Combonianos del Corazón de Jesús y las Hermanas Misioneras Combonianas, que existen en 42 países de los cinco continentes.
«Calle. Daniel da testimonio del amor del Buen Pastor que va en busca de los perdidos y da vida por el rebaño. Su espíritu fue enérgico y profético al oponerse a la indiferencia y la exclusión», dijo el Papa Francisco.
«En sus cartas hizo un llamamiento a su querida Iglesia, que había olvidado África durante demasiado tiempo. … Su testimonio parece querer repetir a todos los hombres y mujeres de la Iglesia: «No os olvidéis de los pobres, amadlos, porque Jesús crucificado está en ellos, esperando resucitar».